综保区管理委员会为省政府的派出机构，委托绥芬河市政府管理，在黑龙江绥芬河综合保税区领导小组指导下，统一负责综保区的日常管理工作。

    1、按照国家和省有关法律、法规和政策规定，对保税区实行集中统一管理，制订保税区发展规划并负责组织实施；

    2、制订保税区内的各项有关具体规定；按照规定的权限，负责保税区内有关规划、建设、管理等各项事宜；

    3、负责协调和配合口岸、海关、检验检疫、边检、工商、税收、金融、公安、环保等有关行政管理部门在综保区的行政管理工作。；

    4、行使省政府授予的其他职权。

    按照职能要求，绥芬河综合保税区管委会下设办公室、经济贸易局、计划财政局、规划建设局4个职能部门：

   （一）办公室

    1、负责管委会机关、直属单位和保税区内各单位党的建设、干部人事管理、因公出国（境）人员审查、对外宣传、精神文明、纪检监察和群团等工作；

    2、负责协调落实上级关于保税区发展的方针、政策、决定，协调组织制定和发布保税区的有关具体管理规定，并对重大问题进行研究督办，提出解决对策建议；

    3、负责文字材料综合、政务信息；

    4、负责组织、联络、协调保税区的外事接待及各类涉外活动，建立与国外有关机构、组织的联络渠道；

    5、负责文书机要、目标管理、会议组织、重要活动安排及后勤保障工作。

    6、负责管委会国有资产管理工作，负责机关固定资产的采购管理工作。

    7、负责协助上级立法部门起草、修改与保税区有关的条例、规章工作；

    8、负责研究制定保税区相关的政策、规章、规范性文件及具体管理办法工作;

    9、负责协调保税区各部门的行政执法工作；负责保税区的行政复议工作；

    10、负责保税区法律法规咨询及依法行政的监督管理工作；

    11、负责协调保税区内海关、检验检疫、公安、外汇、税务、质检、金融等部门开展有关业务。

   （二）经济贸易发展局

    1、负责制订保税区发展规划和产业政策，经绥芬河市政府审核批准后，负责组织实施；

   2、分析、监测保税区经济运行情况，提出经济运行调节政策和措施；

    3、负责保税区经济产业发展统计资料的整理和统计公报的发布工作；

    4、负责落实出口配套措施和政策，组织实施高新技术产品进出口加工，建立与区外相配套完整的加工制造链和产业体系；

    5、负责制定实施区域招商引资政策，建立和管理域区招商项目库；

    6、组织区域对外招商引资推介活动，策划推进重大招商项目建设，做好区内企业参加国际招商引资活动的组织协调；

    7、负责配额、许可证管理的外商投资企业的设立、年审和变更事项。

   （三）计划财政局

    1、负责制定和实施保税区财源建设发展战略、中长期规划及财务管理制度，编制保税区年度财政收支预决算并负责综合平衡；

    2、负责保税区各项财政性资金管理和举债资金使用情况监督管理；

    3、负责保税区基本建设资金管理、工程预决算审核，配合相关部门做好工程竣工验收、资产移交管理工作，审核开发区建设资金的执行情况；

    4、负责编制实施保税区固定资产投资计划，审批保税区内市级权限核准的投资项目，协助有关部门做好限上项目的申报工作；

    5、负责管委会机关财务管理及所属单位的财务监督；

    6、负责保税区内契税征管工作，协调税务部门做好保税区税收归集工作。

   （四）规划建设局

    1、负责提出并组织实施保税区建设总体规划、分区规划、控详规划，负责批后项目的规划执法检查；

    2、负责编制保税区基础设施和基本建设项目中长期规划和年度计划，负责建设工程勘察设计、施工监理、招投标和质量安全管理，核发建筑工程施工许可证、拆迁许可证，组织协调实施项目竣工验收工作；

    3、协助有关部门编制保税区土地中长期利用规划，提出落实区域年度用地计划，实施土地整理、收储、经营，行使绥芬河市国土资源局土地会审会议议定事项的权限；

    5、协调有关部门办理保税区内房产交易事宜，开展区内房产业务指导；

    6、负责保税区市政、绿化、市容、环卫、供排水、供热供电等公用事业管理工作；

    7、负责保税区的环境保护工作，实施建设项目环境影响评价审批，环境监测和环境监理工作。